Użytkownik ma możliwość precyzyjnego ustawiania rozdzielczości wydruku. MakerBot Desktop automatycznie generuje materiał podporowy. W przypadku druku wielokolorowego program sam dobiera kolor podpory w danym obszarze modelu. Podpory są łatwe do wyłamania i usunięcia, istnieje możliwość drukowania z rozpuszczalnym materiałem podporowym, który następnie zostaje wypłukany w specjalnym roztworze. Dodatkowa warstwa stabilizująca, która gwarantuje lepsze przytwierdzenie modelu do platformy roboczej drukarki, poprawiając jakość i precyzję wydruku. Specjalna funkcja wspomagająca optymalne stygnięcie modelu. Minimalizuje tendencję materiału do skurczu i odkształcania pod wpływem zmian temperatury. MakerBot Desktop automatycznie generuje strukturę (np. w kształcie „plastrów miodu”), która wypełnia model, co przyczynia się do jego wysokiej sztywności i wytrzymałości przy jednoczesnej znacznej oszczędności materiału. Stopień wypełnienia ustala się procentowo, przy czym 100% to materiał lity. Szacowanie czasu drukowania i zużycia materiału, ma kluczowe znaczenie przy wycenianiu oraz planowaniu obłożenia drukarki. MakerBot Desktop automatycznie przedstawia te informacje.
MakerBot Desktop to aplikacja, którą bezpłatnie używać można zarówno z drukarkami 3D. Wystarczy ją pobrać i zainstalować.